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藥物化學碩士點為2006年新增碩士點，本學位點以藥物化學、天然藥物化學、基礎化學等學科為依托，師資力量雄厚，有教授4人，副教授11人，講師7人；其中博士1人，在讀博士2人；碩士研究生16人，在讀碩士研究生5人，具有老、中、青專家梯隊。本學科已成為安徽省中藥活性成分結構修飾與改造研究、中藥現代化技術研究和藥物合成工藝研究的最重要基地，為制藥行業培養高素質高水平的藥學人才。

主要研究方向：

（一）藥用材料和納米制藥；

（二）藥物設計及合成工藝研究；

（三）天然藥物活性成份現代分離技術和結構修飾與改造。

在藥用材料和納米制藥研究方面，一直從事于新型高分子材料的合成及高分子材料在藥物生產中的運用。將藥用新材料、新技術用于藥物生產新工藝和藥物新劑型的研究，通過研制新材料制作具有納米孔徑的介孔材料及雙親材料，可用于：①中藥材浸提液中活性成份和活性部位的分離與提取，鑒于中藥水提液成分的復雜性,本方向側重于抗污染分離膜的研制和分離方法的研究；②利用材料的雙親特性和介孔特點將藥物進行納米級分散，并進一步研制成納米藥物制劑。本方向的研究重點在于提高藥物的生物利用度；③利用材料的可反應性和介孔特性研制藥物的控釋裝置和靶向裝置。本方向的重點是藥物制劑新技術和新劑型的研究。承擔了省“十五”科技攻關課題“中藥材生物堿的膜法分離”、省自然科學基金課題 “中藥材小分子有機藥物分離膜的研制”等多項科研課題。

在藥物設計及合成工藝研究方面，一直致力于藥物合成、中藥活性成分結構修飾和藥物合成工藝的研究，尤其注重于藥物合成工藝的改進和創新研究、手性藥物不對稱合成方法的研究和藥物合成路線的合理設計及優化。承擔了國家中醫藥管理局“修飾巖白菜素的化學結構延長半衰期提高療效的實驗研究”、安徽省教育廳“新莪術二酮的提取、分離、鑒定和相關藥效學作用初步研究”和“蘆根多糖的提取純化和保肝作用及機制的研究”等科研課題。

中藥有效成分的提取、合成和結構改造方面成果明顯，利用化學合成法制備出益母草的主要有效成分益母草堿，完成了Ⅰ類新藥的藥學資料。在研究中藥葛根等有效成分的基礎上，研制成抗糖尿病新藥“糖人康”。在研究葉綠素的基礎上，結構改造得到葉綠素鋅，創造出有價值的新品種。由中藥藤黃提取出的有效成分—新藤黃酸，通過對其結構修飾后制備而成的抗腫瘤藥（為中藥一類新藥），工藝先進，提取收率和產品純度高，達到國內外先進水平。承擔了安徽省科技廳重點項目“一類新藥—新藤黃酸及注射用新藤黃酸原料藥、凍干劑的臨床前研究”、安徽省科技廳“國家一類新藥注射用新藤黃酸凍干粉針劑的研制”和安徽省教育廳“瓜蔞皮水溶性成分研究” 等科研課題

近五年來共發表論文65篇，其中被國外權威期刊索引收錄5篇；獲國家級獎3項，省部級獎3項，出版教材10多部，其中《制藥工藝學》為主編單位。