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應用化學重點學科的發展定位在于應用，因此本學科在注重學術水平的同時緊密聯系重慶地方經濟發展，注重與生產應用相結合。著重建設下述4個具有特色的研究方向：

1、精細有機合成及催化研究方向

精細化工是重慶市的支柱產業，本方向長期從事精細有機合成，包括涂料、粘膠劑、農用化學品、藥物中間體、特種專用助劑等精細化工產品的合成和開發研究。催化研究方面，本方向在國內較早進行超酸和固體超酸、功能化的有機磷酸鹽新型催化劑的研究并創出了特色，曾連續獲得三次國家自然科學基金和省部級項目資助。有機磷酸鹽載體及催化劑多數為首次合成，有首創性，在國內外產生較大影響。目前正著力于從高含油量油菜籽的育種篩選、菜籽油制備生物柴油的復合催化劑研究到生物柴油的發動機試運行的一條龍中試和產業化前期研究，已申報06年教育部重大項目。

2、綠色化學工藝和工程的開發研究方向

綠色化學反應、原子經濟型反應及工藝的開發研究；在創造經濟效益的同時，減少三廢排放或無污染排放以保持環境友好、清潔生產，降低能耗，減少原料消耗，降低原料成本，提高產品質量。本方向的特點是本著科研工作理論聯系實際，面向重慶經濟建設和社會發展，以“企業醫院”和“技術銀行”為特色面向精細化工企業從事技術服務、技術研發和成果轉化及新產品的“孵化”，以及科研成果的商品化、產業化。

3、功能材料研究方向

新材料、尤其是新型功能材料的研究開發是科技發展的先導，本方向致力于羰基金屬氣相沉積的多晶膜、功能梯度材料、超微粉體材料、功能顯示材料和其他功能材料的化學合成研究開發，具有一定的特色和優勢。2003年研制出了我國第一個電子紙樣機和電子墨水顯示材料，連續參加了重慶市高交會展出，填補了我國在這一領域研究開發的空白。迄今國內尚無第二家電子紙研制成功的報道。目前正在進行柔性基板電子墨水材料的開發研究，以盡快實現該成果的實際應用。

4、農副產品加工及中草藥有效成分的提取

本方向致力于生物有機化學、農副產品包括菜籽餅、辣椒、甜菊糖甙等加工和以及中草藥包括黃連、葛根、穿心蓮、黃芩、連翹、魚腥草中的有效成分的提取加工，對于優化重慶和三峽庫區的產業結構，提升農副產品的價值，增加農民收入、帶動農村經濟的發展，不僅具有重要的經濟意義，而且具有重要的政治意義。