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川北醫學院藥學專業是經國家教育部2011審批同意招生的新專業。該專業以學院近60年醫學院校的辦學積淀所形成的較為完善相關學科為基礎，在兩屆臨床藥學分流方向的辦學過程中的經驗與專業人才儲備之上，緊密依托我院已有的藥理教研室、附屬醫院藥劑科、化學教研室、藥物研究所等專業科室進行建設。其中藥理學為碩士學位研究生招生和四川省衛生廳重點學科。藥物研究所為2010年中央財政支持地方高校項目“臨床藥學創新實驗基地” 建設單位，已擁有藥物化學實驗室、藥物分析實驗室、藥物制劑實驗室、微生物實驗室、藥理學實驗室等專業科研實驗室。該專業已擁有專業教師隊伍近30人，其中副教授（或相當職稱）以上12人，博士學位人員4人，留學歸國人員3人。作為新辦專業，在學院領導、各職能部門及其他院系的大力支持下，將在管理體制、資金投入、人才引進、實驗室建設、學科建設、科學研究、實習（訓）基地建設、學生就業等方面加大力度，充分利用我院已有的優勢，明確辦學思想，突出辦學特色，實現超常規發展。

在學校各級領導關心和大力支持下，藥學院2011年招收并報到注冊首屆藥學專業學生57人，主要培養方向傾向于臨床藥學。主要開設了藥學導論、英語、高等數學、生物學、無機化學、有機化學、分析化學、生物化學、解剖學和生理學、微生物與免疫學、臨床醫學概論等基礎課程，以及藥用植物學、藥理學、藥物化學、生藥學、天然藥物化學、藥劑學、藥物分析、生物藥劑學與藥代動力學、藥事管理學和臨床藥物治療學等專業課程，并在學生畢業實習階段設置綜合實驗和企業、醫院藥房實習等環節，重點培養學生運用新藥研發、藥物應用等方面實際工作能力。本專業學生畢業后主要在各級藥監局、衛生局和醫院從事各種臨床藥學服務、臨床藥學研究以及藥品生產企業從事藥品的生產、研發和市場營銷等工作。

藥學院不斷拓展對外合作交流，目前，學院已和川東北地區多家藥企，如順生制藥、南充藥業集團中藥材公司等初步達成了新藥開發、藥學學生實習就業、資源共享等合作意向，并在2012年3月與美國托萊多大學藥學院就本科生及研究生交流、教師交流與培訓等方面達成了一定共識。