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　南京醫科大學生物化學與分子生物學系是1981年國務院學位辦首批碩士學位授權點。2003年被國務院學位委員會批準為博士學位授權點。現為南京醫科大學校重點學科，主持“生物化學與分子生物學”校精品課程。江蘇省人類功能基因組學重點實驗室掛靠在生物化學與分子生物學系。

 從上個世紀六十年代起，在徐憤教授等老一輩生物化學家的帶領下，在補體研究領域取得了令人矚目的成就，為學科的持續發展積累了堅實的基礎。從“十一五”期間起，學科進一步拓寬研究領域，把糖尿病發病機制研究方向作為本學科發展的重點，尤其在胰腺β細胞功能障礙的分子機制研究領域取得了顯著的成績，形成了鮮明的特色和優勢。學系擁有一系列先進的分子生物學及功能基因組學研究的技術和儀器設備，具有良好的實驗條件和堅實的研究基礎。目前，該系的主要研究方向為糖尿病發病機制研究，胰腺β細胞生長發育調控的分子機制研究，神經系統損傷修復的信號轉導研究。每個方向目前均承擔國家自然科學基金等項目的科研任務，包括科技部 973課題1項，科技部新藥重大專項1項，國家自然科學基金面上項目和青年基金項目9項，教育部科學技術研究重點項目1項，省科技廳國際合作項目1項，省科技廳自然科學基金重點招標項目，1項省科技廳自然科學基金2項，江蘇省衛生廳招標項目1項，省高校自然科學研究計劃自籌經費項目1項，在研課題總經費達1000余萬元。近5年來，以第一完成單位在國際學術刊物發表SCI論文40多篇，影響因子5以上5篇。近年還獲得江蘇省科技進步二等獎一項以及中國專利一項。

 全系現有教師16人，其中高級職稱7人，講師9人，技術人員3人，博士生導師2人，碩士生導師2人。教師隊伍中有博士學位的10人，教師已普及碩士學位，4人博士在讀。

 生物化學與分子生物學系非常重視研究生的培養，已畢業10位博士研究生和20多名碩士研究生，這些畢業生分別工作在國內外科研機構、大學、醫院、政府部門和醫藥企業，就業率100%。

 該系每年承擔本校研究生和本、專科學生的大量教學任務：其中包括本、專科生理論課840學時，實驗課2750學時；研究生理論課50學時，實驗課80學時；七年制臨床醫學碩士理論課240學時。本科生雙語教學內容已達10%，碩士研究生接近25%.該系教師憑借多年豐富的教學經驗，編寫了供不同層次學生使用的多種專業教材。包括主編和參編高教出版社《研究生分子生物學》（2006），人衛出版社《生物化學》（第七版，本科教材，2006），東南大學出版社《生物化學與分子生物學》（2007），科學出版社《醫學分子生物學》（2008）等。曾榮獲2002年省教育廳頒發的優秀研究生教學獎。

 該系還積極開展對外交流和合作，已接受國外訪問學者6名，并分別與美國匹茨堡大學，賓州州立大學，希望城國家醫學中心糖尿病研究所、法國醫科院內分泌實驗室以及法國科學研究中心胚胎發育實驗室、弗吉尼亞大學醫學院等建立了國際合作關系并開展國際交流合作項目。

 本學科的特色是注重基礎與臨床的結合，并與國際上先進的糖尿病實驗室密切合作，以保證在信息及技術上的領先優勢。