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南京醫科大學藥理學科是學校的傳統優勢學科，從1988年起本學科連續被遴選為江蘇省重點學科，2007年被遴選為國家重點學科。學科于1981 年成為碩士點，1986年成為博士點，并先后于2000年和2004年為學校申請獲得神經生物學和細胞生物學碩士授權點。藥理學科也是江蘇省神經退行性疾病重點實驗室和江蘇省基因藥物技術中心的依托學科，2003年經江蘇省學位委員會批準本學科成為江蘇省產學研聯合培養研究生示范基地（南京醫科大學新藥創制與研究中心）。

從上世紀六十年代起，在劉天培教授、饒曼人教授等老一輩藥理學家的帶領下，在心血管藥理學研究領域取得了一批令人矚目的成就，多次獲得教育部、衛生部和江蘇省的科技獎勵，為學科的持續發展積累了堅實的基礎。從“八五”開始，張銀娣教授最早在國內開展藥物代謝酶基因多態性對相關藥物藥動學與藥效學影響的研究，開拓了臨床藥理學的研究方向，研究成果獲得多項省部級獎勵；從“九五”后期起，學科進一步拓寬研究領域，在學科帶頭人胡剛教授的帶領下，神經精神藥理學研究方向成為該學科發展的新生長點，尤其在針對神經退行性疾病的神經損傷與保護的研究領域取得了顯著的成績，形成了鮮明的特色和優勢。目前，學科的主要研究方向為神經精神藥理學、臨床藥理學、心血管藥理學、腫瘤藥理學、免疫藥理學等，每個研究方向目前均承擔多項國家自然科學基金等項目的科研任務，近5年來，以第一完成單位在國際學術刊物發表SCI論文200多篇，發表論文的篇數及累計影響因子均名列全校第一；獲得相關專利10多項，先后獲得省部級科技獎勵一等獎5項、二等獎2項、三等獎5項。長期以來，學科還積極為國內醫藥企業開展藥理學、藥效學、毒理學等新藥研發工作，為促進我國醫藥產業的發展作出了突出貢獻。

在立足國內實驗室研究的基礎上，藥理學科積極開展國際學術合作與交流，與美國、加拿大、意大利、新加坡、香港等國家和地區的著名大學的實驗室在科學研究與人才培養等方面建立了長期的合作關系，胡剛教授、楊儉教授分別以項目負責人申請并獲得美國SMRI和NIH的國際合作項目。學科向來注重研究生的創新能力、綜合素質和國際視野的培養，始終保持4-6名研究生在國外實驗室實施聯合培養，近五年已經與美國等國家聯合培養畢業博士研究生9名。2002年獲得我校迄今唯一的全國優秀博士學位論文獎，近三年內5人次獲得江蘇省優秀博士、碩士學位論文獎，3位研究生獲得江蘇省研究生創新工程項目，3位在職博士研究生獲得國家自然科學基金項目的資助。

在學科豐厚底蘊的熏陶下，在實施學科建設的過程中，一批富有學術競爭力的骨干脫穎而出，形成了一支敬業精神和團隊精神好的高素質年輕學術團隊，為學科的可持續強勁發展積累了人才基礎。學科現有教授7人，副教授4人，具有博士學位18人。其中，學科帶頭人胡剛教授是國家杰出青年科學基金獲得者、江蘇省中青年科技領軍人才、教育部優秀青年教師資助計劃和教育部高等學校骨干教師資助計劃的獲得者，受聘擔任SCI刊物《Clin Exp Physiol Pharmacol》和《Acta Pharmacol Sin》的編委；王斌教授和李勝男教授分別被遴選為江蘇省“333高層次人才培養工程”和江蘇省“青藍工程”學術帶頭人培養對象；胡剛和李勝男教授分別評定為江蘇省“六大人才高峰”A和C類高層次人才培養對象。2005年藥理學科被遴選為江蘇省優秀學科梯隊，“針對神經退行性病的神經保護研究”團隊2006年被遴選為江蘇省“青藍工程”首批優秀科技創新團隊，2007年獲批成立江蘇省神經退行性疾病重點實驗室，并被遴選為國家重點學科。至此，藥理學科已經形成了完善的學科發展體系：國家和省重點學科——省重點實驗室——科技創新團隊——各類學術帶頭人培養人選。
通過“九五”至今的江蘇省重點學科和國家重點學科的建設，學科已積累了良好的實施研究生教育和開展高水平科學研究的硬件條件，為實施項目、積累成績、再攀高峰提供了條件保障。