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水聲工程專業作為一級學科—“船舶與海洋工程”下設的三個二級學科之一，主要研究水聲技術的工程應用和各種水聲設備的研究設計、制造。由于聲波是在海水中探測目標、傳遞信息的有效工具，水聲工程在經濟建設中有著廣泛的應用，本所自1987年起開展水聲工程專業研究生培養工作，現已擁有該專業碩士學位授權點、博士學位授權點，形成了四個相對穩定、特色突出、優勢明顯的研究方向：⑴聲納總體技術；⑵信號處理；⑶傳感器及聲系統；⑷計量與測試技術。研究生畢業后可從事聲學、電子、計算機應用及信息工程的科研、教學工作，也可在漁業機械、石油、地質、海洋儀器、醫療儀器等部門從事設計、生產和科研工作。

凡考入我所的研究生，因其導師均承擔重要科研項目，攻讀學位的課題和經費有保證。研究生可享用先進的科研實驗室和館藏豐富的國內外科技文獻資料。

所作課題可進行廣泛的文獻調研、深入的分析計算、反復的實驗驗證。撰寫的論文內容豐富、論據充足、試驗可靠，被同行專業輿為質量和水平遠高于高等院校。