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南京農業大學的學位與研究生教育已有76多年的歷史。學校的前身金陵大學農學院和中央大學農學院分別于1936年和1940年開始招收研究生。1952年全國院系調整成立南京農學院，同時開展研究生培養工作。“文革”期間，學校遷址揚州與原蘇北農學院合并成立江蘇農學院，研究生教育中斷12年。1978年我校恢復研究生教育，1981年成為全國首批有權授予博士、碩士學位的單位之一。1999年，被國家教育部和國務院學位委員會授予“全國學位與研究生教育管理工作先進集體”。2000年6月經教育部批準建立研究生院。是全國獸醫專業學位研究生教育指導委員會秘書處單位。經過幾十年的發展，南京農業大學已成為我國培養高層次專門人才的重要基地之一。

南京農業大學具有良好的研究生培養條件和指導力量，是“211工程”和教育部“985優勢學科創新平臺”建設單位�，F有4個一級學科國家重點學科，3個二級學科國家重點學科，1個國家重點培育學科，8個學科入選江蘇高校優勢學科建設工程項目，5個江蘇省一級學科重點學科。有13個博士后流動站、16個博士學位一級學科授權點、33個碩士學位一級學科授權點，培養研究生的學科專業涉及哲學、經濟學、法學、文學、歷史學、理學、工學、農學、醫學和管理學等10個學科門類。有博士研究生指導教師320余人，碩士研究生指導教師800多人，有國務院學位委員會學科評議組成員9名。2000年開始專業學位研究生培養，有獸醫博士、獸醫碩士、農業推廣碩士、工程碩士、公共管理碩士、工商管理碩士、風景園林碩士、會計碩士、金融碩士、翻譯碩士、國際商務碩士和社會工作碩士等12種專業學位授予權。1978年以來累計培養了26000多名研究生，其中博士研究生5000多人。2011年底，各類在校研究生8200多人，其中博士研究生1500多人、全日制學術型和專業學位碩士研究生5200多人、在職攻讀專業學位研究生1500人。培養的研究生受到了用人單位的廣泛好評，很多研究生在工作中做出了突出貢獻，先后獲得了8篇全國優秀博士學位論文和9篇提名獎。

研究生院成立后，已先后召開了三屆校研究生教育工作會議，各屆會議的主題分別為：“抓住機遇、積極發展”，“規范管理、保證質量”和“以質量為核心、以創新為靈魂”，圍繞著“規模、結構、質量、創新和管理”等重點主題逐步深入，為保證新世紀的研究生教育質量和學科建設水平做出了戰略選擇和制度安排，其中“農科博士生教育質量保障體系建設”獲得江蘇省高等教育教學成果二等獎。目前承擔教育部專業學位研究生教育綜合改革試點項目和江蘇省教育體制改革試點項目各一項。

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