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2014年，中國科學院上海藥物研究所計劃在藥物化學、藥理學、藥物分析學、藥劑學、藥物設計學等五個專業招收學術型碩士學位研究生88名左右，在制藥工程、藥學碩士二個專業招收全日制專業學位碩士研究生10名左右。另代上海科技大學招收學術型碩士學位研究生25名左右，總計招研究生123人作用。資料顯示，中國科學院上海藥物研究所碩士生錄取類別分為非定向就業和定向就業兩種，定向就業的碩士研究生均須在復試時與學校、用人單位簽訂定向委托培養合同。

資料顯示，中國科學院上海藥物研究所是藥學一級學科博士、碩士學位培養單位，擁有新藥研究國家重點實驗室、國家新藥篩選中心、中藥標準化技術國家工程實驗室等三個國家級實驗室，設有藥物化學合成研究室、天然藥物化學研究室、藥理學第一研究室、藥理學第二研究室，藥理學第三研究室等五個研究室，并建有藥物發現與設計中心、藥效評價研究中心、藥物安全評價研究中心、藥物代謝研究中心、藥物釋放系統研究中心、中藥現代化研究中心、常州藥物研究開發中心等一系列新藥研發技術平臺以及分析化學室、實驗動物室、圖書情報室和期刊聯合編輯部等支撐部門；主辦了英文學術雜志Asian Journal of Andrology和Acta Pharmacologica Sinica，并主辦以非處方藥物為主的科普雜志《家庭用藥》。