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2014年上海中醫藥大學碩士生招生規模數暫定380名。其中統考生323名，推薦免試生57名，資料顯示，上海中醫藥大學碩士生錄取類別分為非定向就業和定向就業兩種，定向就業的碩士研究生均須在復試時與學校、用人單位簽訂定向委托培養合同。

資料顯示，上海中醫藥大學現有17個二級學院及部門。3所直屬附屬醫院，曙光醫院、龍華醫院、岳陽中西醫結合醫院，均為三級甲等醫院。2所非直屬附屬醫院，普陀醫院和上海市中醫醫院。以及13個附屬及共建研究所。8個研究中心。另外還成立了由上海17家中醫機構組成的醫教研聯合體。3個教育部基地：中國大學生武術訓練基地、國家大學生文化素質教育基地、國家理科基礎研究和教學人才培養基地；3個一級學科授權的博士點：中醫、中藥與中西醫結合學科，同時也都是博士后流動站；15個二級學科博士點；23個碩士點；24個本、專科專業（方向）；同時，學校還有9個繼續教育的本、專科專業。

上海中醫藥大學實行研究院與學校合署的管理體制，上海市中醫藥研究院是全國七大中醫藥研究中心之一。學校現有國家教育部重點學科3個：中醫外科、中藥學、中醫內科；教育部（省部共建）重點實驗室1個；國家中醫藥管理局重點學科學科建設單位4個。上海市重點學科7個。上海市高校E-研究院2個；上海市教委第四期重點學科3個。上海市重點實驗室1個。三級實驗室14個。