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首先，培養方向不同

學術型碩士教育以培養教學和科研人才為主，授予學位的類型主要是學術型學位;專業型碩士是國家為了克服學術型碩士的不足新增的一種新碩士，培養的是現在市場緊缺的應用型人才。

其次，招生條件不同

學術型碩士則不需要報考者有一定年限的工作經歷。國家09年新增的一月份統考的全日制專業型碩士并不要求工作經驗，招生條件跟原來的學術型碩士一樣，應屆生可以報考。

第三，招生考試不同

學術型碩士的招生考試只有年初的“統考”，而統考以外的專業考試則由各招生單位自行命題、閱卷。專業碩士的招生考試有10月份的“聯考”和年初的“統考”兩次機會，考生可以自行選擇，而這兩大國家級別的考試的專業考試，也由各招生單位自行命題、閱卷。GCT在職碩士是參加10月份的聯考，全日制專業碩士跟原來全日制學術型碩士考試時間一樣，都是每年一月份初試。

第四，入學難度不同

學術型碩士的全國碩士研究生入學統一考試(統考)完全是嚴進寬出的代表。據了解，一些名校熱門專業的錄取比例甚至為70：1。而一些二流學校的冷門專業卻年年招不滿。因此，入學難度取決于考生報考的學校和專業。專業碩士的招生考試有10月份的“聯考”和年初的“統考”兩次機會，考生可自行選擇。這兩大國家級別考試的專業考試，是由各招生單位自行命題、閱卷。不同專業的入學難度各不相同，熱門專業相對難一些。此外，“聯考”和“統考”的難度也不一樣，由于“統考”考生遠多于“聯考”考生，考試競爭激烈程度自然也大。不過，“聯考”的考試雖容易，但錄取時更看重申請者的工作背景和經驗。