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1、培養方向不同

學術型碩士教育以培養教學和科研人才為主，授予學位的類型主要是學術型學位;專業型碩士是國家為了克服學術型碩士的不足新增的一種新碩士，培養的是現在市場緊缺的應用型人才。

2、招生條件不同

學術型碩士則不需要報考者有一定年限的工作經歷。國家09年新增的一月份統考的全日制專業型碩士并不要求工作經驗，招生條件跟原來的學術型碩士一樣，應屆生可以報考。

3、招生考試不同

學術型碩士的招生考試只有年初的“統考”，而統考以外的專業考試則由各招生單位自行命題、閱卷。專業碩士的招生考試有10月份的“聯考”和年初的“統考”兩次機會，考生可以自行選擇，而這兩大國家級別的考試的專業考試，也由各招生單位自行命題、閱卷。GCT在職碩士是參加10月份的聯考，全日制專業碩士跟原來全日制學術型碩士考試時間一樣，都是每年一月份初試。

4、入學難度不同

學術型碩士的全國碩士研究生入學統一考試(統考)完全是嚴進寬出的代表。據了解，一些名校熱門專業的錄取比例甚至為70：1。而一些二流學校的冷門專業卻年年招不滿。因此，入學難度取決于考生報考的學校和專業。專業碩士的招生考試有10月份的“聯考”和年初的“統考”兩次機會，考生可自行選擇。這兩大國家級別考試的專業考試，是由各招生單位自行命題、閱卷。不同專業的入學難度各不相同，熱門專業相對難一些。此外，“聯考”和“統考”的難度也不一樣，由于“統考”考生遠多于“聯考”考生，考試競爭激烈程度自然也大。不過，“聯考”的考試雖容易，但錄取時更看重申請者的工作背景和經驗。

5、學習方式不同

學術型碩士：全日制學習。一般為3年。專業碩士：脫產全日制學習，學制2-3年。

6、學習費用不同

學術型碩士錄取為國家計劃內(非定向、定向)的碩士生按國家規定享受免學費待遇。錄取為國家計劃外(委托培養、自籌經費)的碩士生須繳納學費，一般為8000元/年，不同專業有所不同。對于自籌經費生、特困生等考生可通過申請國家助學貸款或者商業貸款緩解學費的壓力。專業碩士從2010年開始基本跟全日制學術型碩士一樣，錄取為國家計劃內(非定向、定向)的碩士生按國家規定享受免學費待遇。錄取為國家計劃外(委托培養、自籌經費)的碩士生須繳納學費，一般為8000元/年，不同專業有所不同。對于自籌經費生、特困生等考生可通過申請國家助學貸款或者商業貸款緩解學費的壓力。

7、文憑頒發可能不同

學術型碩士同時頒發學位和學歷證書。專業碩士10月份單獨考試頒發學位證書，1月份考試同時頒發學位和學歷證書。

8、社會認可度不同

學術型碩士：由于是全日制正規大學碩士畢業，擁有學歷、學位雙證，因此社會對這樣的畢業生的認可度非常高。但企業在招聘時也會考慮到全日制碩士研究生的弱點：光有理論，經驗不足。特別對于碩士專業與本科專業方向完全不同，又從無相關工作經驗的求職者，企業會有所顧忌。建議這類畢業生通過實習、兼職或考職業證書來加強自身的競爭力。專業型碩士：09年教育部才新增的碩士研究生，還沒有畢業生，認可度尚受考驗。不過有國家頒發的“雙證”，相信前景會不錯。