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基本信息姓名: 林忠旭 出生年月: 1978.2
性別: 男 碩/博導： 博導
民族: 漢 開設課程： 植物生物技術
職稱: 教授 研究方向： 棉花分子數量遺傳與育種
學位: 農學博士

聯系方式 辦公電話：027-87283955
電子郵件：linzhongxu@mail.hzau.edu.cn

個人簡介林忠旭，男，1978年2月出生，教授，博士，研究方向為棉花分子數量遺傳學、圖位克隆基因及分子標記輔助育種。1996－2000年在華中農業大學植物科學技術學院作物遺傳育種專業學習，獲農學學士學位。2000－2005年在植物科學技術學院攻讀作物遺傳育種博士學位（碩博連讀），于2005年畢業，獲得農學博士學位。2005年畢業后留校執教，在作物遺傳改良國家重點實驗室棉花課題組進行研究工作，主要從事棉花分子標記的開發、遺傳圖譜構建、數量性狀定位、圖位克隆基因、棉花導入系的構建和分子標記輔助育種。2009年1－8月在美國新墨西哥州立大學從事學術訪問，進行棉花功能標記的開發與應用研究。

科學研究：
主要從事棉花分子標記的相關工作，包括新型分子標記的開發、利用分子標記構建棉花遺傳連鎖圖、重要性狀的QTL定位與圖位克隆、分子標記輔助育種。目前的研究內容有（1）利用高通量測序技術開發高通量棉花SNP標記，用于構建高密度遺傳圖譜、QTL定位、全基因組關聯分析以及棉花基因組結構和進化研究。（2）陸地棉導入系的構建。利用我們已經構建的高密度分子標記遺傳圖譜為輔助，從回交后代中篩選含有海島棉片段的導入系。除此之外，利用四倍體棉花的半野生種達爾文棉、毛棉和黃褐棉作為供體，向陸地棉進行片段導入。利用這些導入系進行棉花重要經濟性狀QTL定位與分子標記輔助育種。（3）陸地棉全基因組關聯分析解析棉花重要性狀形成的遺傳基礎以及骨干親本的遺傳機理。（4）利用特殊遺傳材料采用正向遺傳學方法精細定位和克隆棉花基因，解析棉花種間雜交機理。

2016年擬招生方向及人數：作物遺傳育種，碩士研究生3人，博士研究生1人，歡迎有生物信息學基礎的同學報考，有意向者盡快與我聯系確定名額。

學術兼職：
Journal of Plant Studies、Advances in Agriculture編委

研究生培養：
2012年畢業生：
王夏青：2011年大北農獎學金獲得者；2012年校優碩，2013年省優碩
涂建麗：2013年校優碩
2013年畢業生：
陳學梅：2012年國家獎學金獲得者
2014年畢業生：
郭歡樂：2013年國家獎學金獲得者
 

科研項目在研項目：
國家自然科學基金：棉花偏分離染色體遺傳機理與效應分析，2012-2015，主持
國家自然科學基金：利用MAGIC群體解析陸地棉重要經濟性狀的遺傳基礎，2014-2017，主持
湖北省杰青：利用連鎖和關聯分析剖析棉籽含油量的遺傳基礎，2014-2016年，主持
轉基因專項子課題“棉花導入系構建”，2011－2015年，主持
973課題“棉花高油脂產量優異親本形成的遺傳解析與利用”2011－2015，參加

已結題項目：
國家自然科學基金：分子標記輔助選擇構建棉花種間單片段代換系及其遺傳評價，2007-2009，主持
國家自然科學基金：海島棉重要經濟性狀遺傳基礎的分子解析及其應用，2009-2011，主持
863子項目"轉基因新技術開發及新品種選育"，2007.01－2009.12，主持
農業部棉花種子真實性和純度分子檢測技術研究，2011-2013年，主持
華中農業大學自主科技創新基金目標導向項目：陸地棉群體結構分析及關聯作圖，2012-2013，主持

發明專利及獲獎情況（1）張獻龍，林忠旭，聶以春，賀道華。一種棉花分子遺傳連鎖作圖的方法。專利號：ZL03119012.X，2006年5月授權。
（2）林忠旭，《Linkage map construction and mapping QTL for cotton fiber quality using SRAP, SSR and RAPD》獲湖北省第十一屆自然科學優秀學術論文二等獎，2006年12月。
（3）林忠旭，《棉花分子標記遺傳連鎖圖構建和產量、纖維品質相關性狀定位》，華中農業大學優秀博士學位論文，2007年7月。
（4）2006年度、2007年度華中農業大學教學質量優秀三等獎。
（5）華中農業大學第八屆青年教師講課競賽三等獎,2008年。
（6）“棉花分子育種技術體系建立與應用” ，湖北省技術發明二等獎，2008.12
（7）榮獲2008年度“中國百篇最具影響國內學術論文”
（8）華中農業大學2009屆本科生創新論文（設計）指導獎
（9）張獻龍，林忠旭，劉傳祥。利用EST-SSR標記-棉花纖維轉錄，ZL201010196031.0
（10）張獻龍、聶以春、朱龍付、林忠旭、郭小平、盧懷玉、楊國正、余宏章、涂禮莉。強優勢多抗雜交棉新品種“華雜棉H318”的選育與應用。2012年湖北省科技進步獎一等獎
（11）2012年華中農業大學優秀碩士學位論文指導獎
（12）張獻龍，聶以春，朱龍付，郭小平，盧懷玉，劉立清，林忠旭，涂禮莉，楊國正，金雙俠，楊細燕，鄒勇，余宏章，袁道軍，“棉花種質創新及強優勢雜交棉新品種選育與應用” 2013年國家科技進步二等獎

發表的論文及著作一、科研論文
2015年
1. Hantao Wang, Xin Jin, Beibei Zhang, Chao Shen and Zhongxu Lin*. Enrichment of an intraspecific genetic map of upland cotton by developing markers using parental RAD sequencing. DNA Research, 2015, 22(2), 147–160(5年IF=5.707)
2. Chen X, Jin X, Li X, Lin Z*. Genetic Mapping and Comparative Expression Analysis of Transcription Factors in Cotton. PLoS ONE, 2015, 10(5): e0126150. doi:10.1371/journal.pone.0126150(5年IF=3.702)
3. Hantao Wang, Cong Huang, Huanle Guo, Ximei Li, Wenxia Zhao, Baosheng Dai, Zhenhua Yan, Zhongxu Lin*. QTL Mapping for Fiber and Yield Traits in Upland Cotton under Multiple Environments. PLoS One. 2015, 10(6): e0130742. doi: 10.1371/journal.pone.0130742(5年IF=3.702).
4. Said JI, Song M, Wang H, Lin Z, Zhang X, Fang DD, Zhang J. A comparative meta-analysis of QTL between intraspecific Gossypium hirsutum and interspecific G. hirsutum × G. barbadense populations. Mol Genet Genomics, 2015, 290:1003–1025(5年IF=2.907)
2014年
1.Hantao Wang, Ximei Li, Wenhui Gao, Xin Jin, Xianlong Zhang, Zhongxu Lin*. Comparison and development of EST–SSRs from two 454 sequencing libraries of Gossypium barbadense. Euphytica, 2014, 198:277–288. (IF=1.385)
2.J.L. Tu, M.J. Zhang, X.Q. Wang, X.L. Zhang and Z.X. Lin*. Genetic dissection of upland cotton (Gossypium hirsutum) cultivars developed in Hubei Province by mapped SSRs. Genet. Mol. Res. 2014, 13 (1): 782-790 (IF=0.775)
3.尤春源，聶新輝，張勝，郭歡樂，王夏青，林忠旭*。新疆彩色棉23個品種指紋圖譜的構建及遺傳多樣性分析。棉花學報，2014，26，（2）：161-170。
4. Gaofeng Ren, Ximei Li, Zhongxu Lin*. Mining, genetic mapping and expression analysis of EST-derived resistance gene homologs (RGHs) in cotton. BMC Plant Biology 2014, 14:203(IF=3.813)
5.聶新輝，尤春源，李曉方，秦江鴻，黃聰，郭歡樂，王夏青，趙文霞，林忠旭*。新陸早棉花品種DNA指紋圖譜的構建及遺傳多樣性分析。作物學報，2014，40 (12): 2104-2117
6.Ximei Li, Wenhui Gao, Huanle Guo, Xianlong Zhang, David D Fang and Zhongxu Lin*. Development of EST-based SNP and InDel markers and their utilization in tetraploid cotton genetic mapping. BMC Genomics 2014, 15: 1046(IF=3.986)
7.CHUANXIANG LIU, DAOJUN YUAN, ZHONGXU LIN*. Construction of an EST-SSR-based interspecific transcriptome linkage map of fibre development in cotton. Journal of Genetics, 2014, 93, 3, 689-697(IF=1.093).
2013年
1.Muhammad Mahmood Ahmed, Huanle Guo, Cong Huang, Xianlong Zhang and Zhongxu Lin*. Selection of core SSR markers for fingerprinting upland cotton cultivars and hybrids. AJCS, 2013, 7(12):1912-1920.
2.Xuemei Chen, Wenhui Gao, Jinfa Zhang, Xianlong Zhang and Zhongxu Lin*. Linkage mapping and expression analysis of miRNAs and their target genes during fiber development in cotton. BMC Genomics 2013, 14:706. (IF=4.04)
3.X.Q. Wang, Y. Yu, W. Li, H.L. Guo, Z.X. Lin*, X.L. Zhang. Association analysis of yield and fiber quality traits in Gossypium barbadense with SSRs and SRAPs. Genet Mol Res, 2013, 12 (3): 3353 – 3362. (IF=0.85)
4.Liu C., Yuan D., Zhang X. and Lin Z*. Isolation, characterization and mapping of genes differentially expressed during fibre development between Gossypium hirsutum and G. barbadense by cDNA-SRAP. J Genet, 2013, 92, 175–181. (IF=1.01)
5.Xiaqing Wang, Yu Yu, Jian Sang, Qingzhang Wu, Xianlong Zhang, Zhongxu Lin*. Intraspecific linkage map construction and QTL mapping of yield and fiber quality of Gossypium babardense. AJCS, 2013, 7(9):1252-1261.
6.Li X, Yuan D, Zhang J, Lin Z*, Zhang X. Genetic Mapping and Characteristics of Genes Specifically or Preferentially Expressed during Fiber Development in Cotton. PLoS ONE, 2013, 8(1): e54444. (IF=3.53)
2012年
1.Bin Wang, Yichun Nie, Zhongxu Lin*, Xianlong Zhang, Junjie Liu and Jing Bai. Molecular diversity, genomic constitution, and QTL mapping of fiber quality by mapped SSRs in introgression lines derived from Gossypium hirsutum × G. darwinii Watt. TAG, 2012, 125:1263-1274. (IF=3.658)
2.Zhongxu Lin, Ying Wang, Xianlong Zhang & Jinfa Zhang. Functional Markers for Cellulose Synthase and Their Comparison to SSRs in Cotton. Plant Mol Biol Rep, 2012, 30:1270–1275. (IF=5.319)
3.Ximei Li, Daojun Yuan, Hantao Wang, Xuemei Chen, Bin Wang, Zhongxu Lin*, Xianlong Zhang. Increasing cotton genome coverage with polymorphic SSRs as revealed by SSCP. Genome, 2012, 55(6): 459-470. (IF=1.668)
4.Xiaqing Wang, Gaofeng Ren, Ximei Li, Jianli Tu, Zhongxu Lin* and Xianlong Zhang. Development and Evaluation of Intron and Insertion–Deletion Markers for Gossypium barbadense. Plant Mol Biol Rep, 2012, 30 (3), 605-613. (IF=5.319)
5.Yu Yu, Zhongxu Lin* and Xianlong Zhang. Genome-wide identification of recombination rates of male versus female gametes in inter-specific population of cotton. Pak J Bot, 2012, 44(2): 521-529. (IF=0.872)
6.Chuanxiang Liu, Zhongxu Lin* and Xianlong Zhang. Unbiased genomic distribution of genes related to cell morphogenesis in cotton by chromosome mapping. Plant Cell, Tissue and Organ Culture (PCTOC), 2012, 108 (3), 529-534. (IF=3.633)
2011年
1.X.Q. Wang, C.H. Feng, Z.X. Lin* and X.L. Zhang. Genetic diversity of sea-island cotton (Gossypium barbadense) revealed by mapped SSRs. Genet Mol Res, 2011, 10 (4): 3620-3631 (IF=1.184)
2.Yu Y, Yuan DJ, Liang SG, Li XM, Wang XQ, Lin ZX*, Zhang XL. Genome structure of cotton revealed by a genome-wide SSR genetic map constructed from a BC1 population between Gossypium hirsutum and G. barbadense. BMC Genomics, 2011, 12:15 (IF=4.073)
2010年
1.余渝，張艷欣，林忠旭*，張獻龍。棉花種間BC1群體偏分離的遺傳剖析。作物學報，2010，36 (10): 1657-1665
2.Zhongxu LIN, Daojun YUAN, Xianlong ZHANG. Mapped SSR markers unevenly distributed on the cotton chromosomes. Front. Agric. China, 2010, 4(3): 257–264
2009年
1.林忠旭，馮常輝，郭小平，張獻龍。陸地棉產量、品質相關性狀主效QTL和上位性互作分析。中國農業科學，2009，42（9）：3036－3047
2.余 渝，王夏青，馮常輝，林忠旭*，張獻龍。棉花纖維特異/優勢表達基因的染色體定位。棉花學報，2009，20（6）：435－441.
3.張培培，王夏青，余楊（三人皆為2009屆本科畢業生），余渝，林忠旭*，張獻龍。首批海島棉基因組來源的微衛星標記的分離、評價和定位。作物學報，2009，35（6）：1013－1020
4.Zhongxu Lin, Yanxin Zhang, Xianlong Zhang and Xiaoping Guo. A high-density integrative linkage map for Gossypium hirsutum. Euphytica, 2009, 166:35–45 (IF=1.405)
2008年
1.LIN Zhong-xu, WANG Jin-feng（王錦峰，2006屆畢業生）, ZHANG Xian-long. Characteristics of Gossypium thurberi and G. anomalum introgression lines of G. hirsutum revealed by EST-SSR and gSSR. Cotton science, 2008, 20(4):243-248
2.余 渝，王志偉，馮常輝，張艷欣，林忠旭*，張獻龍。草棉EST-SSRs的遺傳評價。作物學報，2008，34 (12): 2085-2091。
3.李武，倪薇（2007屆畢業生），林忠旭*， 張獻龍。海島棉遺傳多樣性的SRAP標記分析。作物學報，2008，34（5）：893－898
2007年
1.ZHANG Yanxin, LIN Zhongxu*, LI Wu, TU Lili, NIE Yichun, ZHANG Xianlong. Studies of new EST-SSRs derived from Gossypium barbadense. Chinese Science Bulletin, 2007, 52 (18): 2522-2531.
2005年
1.Z. Lin, D. He, X. Zhang, Y. Nie, X. Guo, C. Feng, and J. McD. Stewart. Linkage map construction and mapping QTL for cotton fiber quality using SRAP, SSR and RAPD. Plant Breeding, 2005, 124 (2): 180-187. (IF=0.941)
2004年
1.林忠旭，張獻龍，聶以春．新型標記SRAP在棉花F2分離群體及遺傳多樣性評價中的適應性分析．遺傳學報，2004，31（6）：622－626。
2003年
1.LIN Zhongxu, ZHANG Xianlong, NIE Yichun, HE Daohua & WU Maoqing. Construction of a genetic linkage map for cotton based on SRAP. Chinese Science Bulletin, 2003, 48 (19): 2063－2067.
二、大會報告
1.Introgression of exotic germplasm into upland cotton for cotton genetics and breeding. WCRC-5, Mumbai, India, November 7-11, 2011
2.棉花功能標記開發的策略及應用。湖南長沙，2013年8月8-9
3.Genomic structure revealed by functional merkers in cotton. 2014 ICGI Research Conference, Wuhan, China, Sep.25-28, 2014